1988 年的国会决议，将圣佩德罗河流大约65km范围之内的地区，包括与墨西哥接壤的一些地区设为自然保护区。但是设立自然保护区的决议并没有将禁止地下水的开采纳入其保护范围。这可是威胁这条河流的主要因素。更为矛盾的是,在圣佩德罗河流域栖息的野生生物及其优美风光吸引着人们到此聚居和旅游, 但是此类行为的无节制增长又同时给圣佩德罗河带来巨大的环境压力。

1998 年成立了“圣佩德罗河河流恢复项目组”,目标是:确定和优化可实施的综合性政策和方案, 以保证菲尼克斯市和该河上游的用水需求。项目组最主要的任务是保证有足够和长期的地下水补给, 以满足河流自然保护区和两岸居民的用水。项目组由20 多个机构联合组成,包括联邦自然环境保护署、瓦丘卡堡军事基地、菲尼克斯市政当局和美国土地管理局等。项目组为河流的恢复制定了具体的实施步骤和可行措施。

这些措施包括：对圣佩德罗河附近污水进行处理和建设地下水交换工程，建筑蓄水坑塘滞蓄雨水和多余的地表径流，并使之回归到圣佩德罗河，厕所节水项目、咨询项目以帮助居民确定如何节约日常用水。华苏克城正与华苏克军事基地合作处理华苏克城市的污水，并且将处理后的污水注入地下，以弥补地下水水源的不足。处理后的污水述可用于高尔夫球场和广场的灌溉等。

美国自然资源保护局、瓦丘卡堡军事基地和美国土地管理局准备与土地拥有者进行类似的合作项目。自2002 年以来,项目组与墨西哥圣佩德罗河管理部门联合组织有关利益相关方、政府代表、当地铜矿企业代表、律师和居民, 就圣佩德罗河的水质和水量分配问题举行了4 次大型会议。圣佩德罗河河流恢复项目组现在被称为圣佩德罗河双边合作伙伴,下设3 个专业委员会, 两国为寻求圣佩德罗河将来的发展而进行对话。

最新研究表明,即使满足了人口控制和用水限制要求, 也不能阻挡地下水的减少和圣佩德罗河的衰退, 影响该河流衰退最明显的因素是农业用水和城市化发展。墨西哥境内圣佩德罗河两岸人口的增长和美国华苏克军事基地人类活动对该河的影响和破坏，要比农业和城市化的影响破坏程度小。

2003 年11 月，美国总统签署的“自然保护授权行动”，包括了对华苏克军事基地的保存和维护，不仅要求华苏克军事基地对圣佩德罗河岸城镇居民用水负责，而且还对该河的生态保护负责。该措施有利于加强圣佩德罗河流恢复项目组的合作协调，并保护当地的地下水不被过度开采。该行动方案要求圣佩德罗河合作伙伴每年向国会提交工作报告，并要求工作报告对圣佩德罗河地下水状况进行专门汇报。

该地区经济发展的速度并没有变缓的迹象，这种经济的高速发展将增加对地下水的需求。但是为了保证圣佩德罗河有充足的地表水注入该河，地下水一定要保护好。然而，仅靠社会某一个实体是很难保证的，圣佩德罗河流恢复项目组的协调合作方式在将来还会发挥更加重要的作用。